Desarrollar proyectos de investigación que aporte a la comprensión de las relaciones interculturales, promoviendo un enfoque interdisciplinario en su abordaje, es el objetivo primordial del ICIIS. Dentro de cada una de sus líneas de acción, y también de forma transversal a estas, se realizan diversas investigaciones en ámbitos como Políticas Públicas, Psicología Social, Arqueología, Genética, Educación, Revitalización lingüística, Maternidad y crianza, y Ecología Política, entre otros.